Altro storico punto di forza della società è il Settore Giovanile, cresciuto negli anni fino ad essere uno dei più solidi non solo per quanto riguarda la provincia, ma anche guardando al resto del panorama dilettantistico toscano.
Sin dal 2008, anno di fondazione del club, grande è stata l'attenzione dedicata a questo settore cruciale, fino ad arrivare a disputare con tutte le squadre delle principali categorie (Juniores, Allievi e Giovanissimi) i rispettivi campionati regionali.
Dalla stagione 2025/2026 torna nel ruolo di Responsabile del Settore Giovanile Andrea Dragoni, storica figura della società Santa Firmina e già Responsabile del Settore Giovanile gialloverde, che sarà coadiuvato nell'organizzazione da Giuseppe Mencucci e Maurizio Gori.