Altro storico punto di forza della società è il Settore Giovanile, cresciuto negli anni fino ad essere uno dei più solidi non solo per quanto riguarda la provincia, ma anche guardando al resto del panorama dilettantistico toscano.
Sin dal 2008, anno di fondazione del club, grande è stata l'attenzione dedicata a questo settore cruciale, fino ad arrivare a disputare con tutte le squadre delle principali categorie (Juniores, Allievi e Giovanissimi) i rispettivi campionati regionali.
Dalla stagione 2021/2022 torna nel ruolo di Responsabile Squadre Luigi Mazzi, storica figura della società e del calcio aretino, con oltre cinquant'anni di esperienza da dirigente, c he sarà coadiuvato nell'organizzazione dal Responsabile del Settore Giovanile Andrea Dragoni.